Postdoktor inom bioinformatik och translationell bröstcancerforskning

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Forskargruppen ledd av professor Johan Hartman vid institutionen för onkologi-patologi bedriver kliniska och translationella studier inom bröstcancer, med särskilt fokus på precisionsmedicin och diagnostik inom cancerområdet. Syftet är att bättre kunna förutsäga enskilda patienters unika behandlingssvar samt att förstå betydelsen av tumörheterogenitet och interaktioner mellan tumörceller och tumörens mikromiljö (stroma) vid bröstcancerns sjukdomsutveckling.

Forskargruppen har väletablerade forskningslinjer som använder en rad olika metoder, däribland AI-stödd klinisk och molekylär patologi, genetiska analyser och statistik baserad på befolkningsregister. Genom dessa samordnade insatser strävar gruppen efter att identifiera centrala faktorer bakom dagens utmaningar inom bröstcancerbehandling samt att upptäcka nya biomarkörer som kan utvecklas till framtida diagnostiska och terapeutiska möjligheter.

Den framgångsrika kandidaten kommer att få tillgång till våra unika patientdatabaser och förväntas bedriva forskning om bröstcancer på högsta internationella nivå i nära samarbete med våra samarbetspartners vid Karolinska Institutet (KI), Kungliga Tekniska högskolan (KTH) och Science for Life Laboratory (SciLifeLab).

Din roll

Vi söker en mycket motiverad postdoktor med en stark bakgrund inom bioinformatisk dataanalys för att ansluta sig till vårt tvärvetenskapliga team bestående av kliniker, bioinformatiker, datavetare och biologer. Postdoktorns huvudsakliga arbetsuppgifter kommer att omfatta analys av genomiska data, transkriptomikdata och DNA-metyleringsdata, inklusive identifiering av somatiska mutationer och kopietalsförändringar, genexpressionsanalyser, signatur- och signalvägsanalyser samt integrering av multiomikdata med hjälp av maskininlärningsmetoder.

Tjänsten innefattar även utveckling och underhåll av beräkningsmässiga analysrörledningar (pipelines) för genomisk och transkriptomisk dataanalys, inklusive dataset genererade med single-cell-teknik och spatiala omikteknologier. Därutöver kan kandidaten bidra till analys av storskaliga kliniska och populationsbaserade registerdata och tillämpa biostatistiska metoder för att undersöka kliniskt relevanta forskningsfrågor.

Den idealiska kandidaten brinner för datadriven biomedicinsk forskning, trivs i en samarbetsinriktad miljö och är angelägen om att bidra till innovativa projekt i gränslandet mellan cancerbiologi, genomik och beräkningsvetenskap.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Grundläggande krav

• Doktorsexamen (PhD) inom bioinformatik, beräkningsbiologi, molekylärbiologi, datavetenskap eller annat motsvarande kvantitativt ämnesområde.
• Goda kunskaper i ett skriptspråk som R eller Python samt förmåga att arbeta effektivt i en Linux-baserad kommandoradsmiljö.
• Tidigare erfarenhet av analys av sekvenseringsdata (DNA, RNA, metyleringsdata etc.), styrkt genom vetenskapliga publikationer. Erfarenhet av spatial transkriptomik, single-cell-sekvensering, integrering av multiomikdata och/eller verktyg för beräkningspatologi är meriterande.
• Grundläggande kunskaper inom molekylärbiologi och/eller cancerbiologi samt ett intresse för att vidareutveckla dessa kunskaper.
• Mycket god kommunikativ förmåga i tal och skrift på engelska.
• God förmåga att hantera, dokumentera och strukturera forskningsdata.

Meriterande kompetenser

• Erfarenhet av biostatistik är ett stort plus.
• Erfarenhet av prospektiva och/eller retrospektiva analyser av kliniska kohortdata.
• Erfarenhet av forskning inom onkologi.
• Erfarenhet av användning av relevanta AI-verktyg och AI-programvaror.
• Erfarenhet av genomiska databaser och cancerrelaterade dataresurser, såsom TCGA, COSMIC och dbSNP.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.

Placering: Anställningen är förlagd till institutionen för onkologi-patologi med huvudsaklig placering vid BioClinicum i Solna.

 Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Ansökan

Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

• Bevis om doktorsexamen
• Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
• En komplett publikationslista
• En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

KI tillämpar individuell och differentierad lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och RALS-T. 

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.  Ansök senast den 22 september.

Anställningen är på två år med möjlighet till förlängning. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss!

1. Johan Hartman, [email protected]
2. Xinsong Chen, [email protected]

1. Helen Eriksson, OFR, [email protected]
2. Sara Jalali, OFR, [email protected]
3. Robert Lindberg, Seko, [email protected]
4. Per Hydbring, SACO, [email protected]
5. Nick Tobin, SACO, [email protected]